Родился в посёлке при железнодорожной станции у села Белополье Сумского уезда Харьковской губернии в семье рабочего-маляра вагонных железнодорожных мастерских и дочери мелкого чиновника в Крюковском интендантстве.
В 1897 г. поступил в начальное железнодорожное училище. В 1904 г. окончил четырёхклассное училище в Кременчуге и одногодичные педагогические курсы (в 1905 г.) и начал работать в Крюкове учителем в железнодорожном училище.
В 1914-1917 гг. - учёба в Полтавском учительском институте, который окончил с золотой медалью. Во время Первой мировой войны в 1916 г. был призван в армию, но по слабости зрения был демобилизован. В 1917-1919 гг. был заведующим железнодорожной школой при Крюковских вагонных мастерских. В 1919 г. переехал в Полтаву.
По поручению Полтавского Губнаробраза (губернского отдела народного образования) создал трудовую колонию для несовершеннолетних правонарушителей в селе Ковалевка близ Полтавы, первоначально именовавшуюся «колонией для дефективных». Через непродолжительное время А. С. Макаренко по собственному почину начинает в деловой переписке именовать Колонию именем М. Горького и в 1921 г. было утверждено: колония имени М. Горького. 

Убедившись после принятия  заведования колонией для малолетних правонарушителей в практической неработоспособности общепринятых воспитательных и педагогических подходов того времени, он предложил и успешно опробовал в Колонии им. М. Горького свою воспитательно-педагогическую систему, получившую впоследствии его имя. Демократические основы (соуправление воспитанников и сотрудников, общее собрание, систематическая ротация командиров отрядов и т. д.), являющиеся неотъемлемой составляющей этой системы, противоречили практике большевистской педагогики. Уже в 1928 г. его систему критикуют и называют «несоветской», а позднее снимают с поста зав. Колонии им. М. Горького.
От ареста его спасает только переход в систему НКВД, где ему предлагают возглавить новое воспитательное учреждение - Коммуну им. Ф. Э. Дзержинского. Вскоре коллективом Коммуны были достигнуты ещё более впечатляющие успехи, уже в области промышленного производства. Но в середине 1930-х, «из-за производственной необходимости» и в условиях надвигающейся войны, Макаренко отстраняется от заведования коммуной, а созданные заводы передаются для круглосуточной работы военному ведомству.
В марте 1937 г. он уезжает в Москву, где занимается литературной деятельностью, публицистикой, много выступает перед читателями, педагогическим активом. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 31 января 1939 г. награждён орденом Трудового Красного Знамени.
1 апреля 1939 года Антон Макаренко скоропостижно скончался от сердечного приступа. Похоронен на Новодевичьем кладбище г. Москвы. 

Романы и повести А. Макаренко:
• Педагогическая поэма (написание 1925-1935 гг.);
• Марш 30 (1932);
• ФД-1 (1932);
• Книга для родителей. Художественно-теоретическое сочинение (1936-1937);
• Флаги на башнях (1938);
• Честь. Повесть (1937-1938);
• Пути поколения. Роман незаконченный (1938).
Работы о воспитании А. Макаренко:
• Воспитание в семье и школе
• Лекции о воспитании детей
• Письмо пионервожатому
• Проблемы воспитания в советской школе
• Проблемы школьного советского воспитания
• Коммунистическое воспитание и поведение
• Разговор о воспитании
• Семья и воспитание детей
• Цель воспитания
• Методика организации воспитательного процесса (1936-1937)